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2013年7月29日，四川省人民政府办公厅印发《四川省食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定》(以下简称《规定》)，设立四川省食品药品监督管理局(简称省食品药品监管局)，省食品药品监管局挂四川省食品安全委员会办公室(简称省食全办)牌子。合并后的省食品药品监管局由原来的12个处室增加为16个处室，专门设立食品安全总监、药品安全总监各1名。
《规定》明确将原省食安办、省食品药品监管局的职责进行整合，将食品加工生产、流通、酒类流通以及农产品加工环节涉及食品安全的职责实施合并，统一由省食品药品监管局管理。今后，种植农产品、畜产品、水产品，从种养殖环节到进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全，由省农业、畜牧、水产部门负责。进入批发、零售市场或生产加工企业后的质量安全监管由省食品药品监管局负责。
新成立的省食品药品监管局增设了科技与宣传处，新增了食品生产监管处、食品流通监管处、食品风险监测处，取消了原食品安全监管处，食品安全风险检测工作亦将由专门成立的一个处室专职负责。
